En el aspecto cultural, la iglesia fundó varios colegios desde el siglo XVl hasta el siglo XVlll, como son:
a) Colegios para indígenas como el de Texcoco, fundado por Fray Pedro de Gante; el Colegio Imperial de la Santa Cruz en Tlatelolco, fundado por Fray Juan de Zumárraga.
b) Colegios para criollos como el de Vizcaínas, El colegio de San Nicolás en Valladolid (hoy Morelia),y El Real Seminario de Minería y El Colegio de las Nobles Artes de San Carlos. La real y Pontificia Universidad de México (1551) en donde se enseñaba Teología, Cánones, Filosofía, Derecho, Retórica y Gramática.
